Поскольку жидкий водород имеет втрое большую удельную теплоту сгорания, нежели керосин, но при одинаковом объёме весит почти в 12 раз меньше, то для выделения равного количества теплоты нужно по объёму в 4 раза больше водорода (Q=qm). Кроме этого, температура закипания криогенного топлива -253° C — для его хранения нужны специальные баки с теплоизоляцией. Вместе с этим, сохранялась проблема с его получением и взрывоопасностью, вследствие чего параллельно разрабатывался вариант самолёта на жидком метане.
В полёте «Ту-360» должен быть непрерывно связан со спутниками, которые будут сообщать всю необходимую информацию о цели. В качестве вооружения на фюзеляже бомбардировщика планировалось размещать гиперзвуковую крылатую ракету «Х-90». К сожалению, из-за высокой стоимости и ряда сложностей, крайне перспективный проект был закрыт.